《方案》强调，新疆自贸试验区建设过程中要牢固树立总体国家安全观，强化底线思维和风险意识，切实加强风险防控体系建设，维护国家安全和社会安全。新疆维吾尔自治区和新疆生产建设兵团要切实履行主体责任，完善工作机制，加强地方立法，打造高素质专业化管理队伍。新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团和有关部门要依法及时下放相关管理权限，完善配套政策，确保各项改革举措落地实施。

　　2018年4月，《解放军报》曾刊文称，政治安全是指国家主权、政权、政治制度、政治秩序以及意识形态等方面免受威胁、侵犯、颠覆、破坏的客观状态。

　　乌鲁木齐片区依托陆港空港联动发展区位优势，加强陆港型国家物流枢纽建设，重点发展国际贸易、现代物流、先进制造业、纺织服装业及生物医药、新能源、新材料、软件和信息技术服务等新兴产业，积极发展科技教育、文化创意、金融创新、会展经济等现代服务业，打造与中亚等周边国家交流合作的重要平台。喀什片区依托国际贸易物流通道优势，做大做强外向型经济，重点发展农副产品精深加工、纺织服装制造、电子产品组装等劳动密集型产业，大力推动进口资源落地加工，积极培育国际物流、跨境电商等现代服务业，打造联通中亚、南亚等市场的商品加工集散基地。霍尔果斯片区依托跨境合作及陆上边境口岸型国家物流枢纽等优势，重点发展跨境物流、跨境旅游、金融服务、展览展示等现代服务业，做大做强特色医药、电子信息、新材料等产业，打造跨境经贸投资合作新样板。